Para ajustas as permissões dos arquivos:

$ find nome-da-pasta-em-que-os-arquivos-estão -type f -exec chmod 644 {} \;

Para ajustas as permissões das pastas:

$ find nome-da-pasta-em-que-as-pastas-estão -type d -exec chmod 755 {} \;

Feito isso, é só compactar a pasta da página e upar.